突襲世界的大災難“第二次沖擊”后世界在廢墟之上重建14歲的少年碇真嗣被父親碇元渡叫到第3新東京市本以為能見到父親迎接的他卻見到名為“使徒”的巨大生物與軍隊交火危急之下特務機關NERV的葛成美里將真嗣救下并將其帶往碇元渡所統領的NERV總部但迎接真嗣的卻是是父親冷酷地命令：駕駛稱為“EVA”的巨大人型機器人與使徒戰斗　　本已表示拒絕的真嗣看到重傷的替補駕駛員綾波麗后決定遵從父親的命令就這樣從未受過作戰訓練的真嗣準備駕駛EVA初號機迎戰使徒　　世界的命運托付在了一位年僅14歲的少年身上而“第二次沖擊”所隱藏的“人類補完計劃”似乎也開始了行動掌握一切答案的碇元渡卻只是不動生色地觀察仿佛一切早已寫入劇本