應該是從遙遠的宇宙彼方K隆星來侵略地球的KERORO小隊在劇場版中卻將地球從可怕的危機中拯救出來……這一次KERORO軍曹的面前出現了最新最惡最強的敵人 　　故事講述冬樹與KERORO小隊一起去印加帝國的馬丘比丘足跡參觀喜歡神秘事物的冬樹當然是大為高興可是KERORO的腦袋里面裝滿了要侵略地球的事情他們在那里因為迷路而發現了遺跡后來因為突發狀況而不得不從那里逃出但在那時冬樹一瞬間看見了一位佇立在迷途中的少女抱著對少女的不解之迷冬樹與KERORO回到了東京不過這時最強的敵人出現在了他們面前樣子和KERORO一模一樣但與KERORO不同天空対決戦ｔテンクウたい的是他是要迅速且透徹地策劃侵略地球的黑暗KERORO他帶領著部下CIBABA、DORURU、MIRURU一起在世界各國開始了侵略行動而迎擊這一切的KERORO小...