「思い出して、翅（はね）があったころのことを」1萬2千年前の想いに応え、繋がったのは欠けたこころ太陽と月と火星が出會うとき、新たな合體の調べが流れる──湘南の海に浮かぶ小島、江の島美しくのどかなその浜辺に、〈私立江ノ島學園〉はある學園には、全國から優秀な子どもが集められ、最新の機器を使った英才教育が施されていた特殊強化クラスの生徒〈エレメント〉に選ばれたサッコ、リミヤ、トシは、感情の力で動く戦闘機〈ベクターマシン〉の操縦を命じられ、謎の侵略兵器〈神話獣〉との戦いを余儀なくされる戦いのさなか、不可思議なヴィジョンに導かれ、サッコは叫ぶ──「想星合體GO、アクエリオン」繰り返される輪廻の果てに、現れた機械天翅アクエリオン宿命を背負った少年少女は、得體のしれない団體〈宇宙たまごの會〉や大人たちの思惑が交錯する中、この宇宙の真実と向き合っていくことになる……これは、おのれの感情と宇宙の存亡を賭けて紡がれる、壯大な愛の神話